Pada tanggal 6-13 November 1949 diadakan: ‘Konferensi Persiapan Dewan Gereja-gereja di Indonesia.” Seperti diketahui sebelum Perang Dunia II telah diupayakan mendirikan suatu Dewan yang membawahi pekerjaan Zending; namun karena pecahnya PD II maksud tersebut diundur. Setelah PD II berdirilah tiga buah Dewan Daerah, yaitu: “Dewan Permusyawaratan Gereja-gereja di Indonesia, berpusat di Yogyakarta (Mei 1946) ; “Majelis Usaha bersama Gereja-gereja di indonesia bagian Timur”, berpusat di Makasar (9 Maret 1947) dan “Majelis Gereja-gereja bagian Sumatera” (awal tahun 1949), di Medan.

Ketiga dewan daerah ini didirikan dengan maksud membentuk satu Dewan Gereja-gereja di Indonesia, yang melingkupi ketiga dewan tersebut. Pada tanggal 21-28 Mei 1950 diadakan Konferensi Pembentukan Dewan Gereja-gereja di Indonesia (DGI), bertempat di Sekolah Theologia Tinggi (sekarang Sekolah Tinggi Teologi Jakarta). Hadir dalam konferensi tersebut adalah :

1. HKBP
2. GBKP
3. Gereja Methodist Sumatera
4. BNKP
5. Gereja Kalimantan Evengelis
6. GPIB
7. Gereformeerde Kerken in Indonesia
8. GKP
9. Gereja Kristen Sekitar Muria
10. Gereja Kristen Jawa Tengah
11. Gereja Kristen Djawi Wetan
12. Tionghoa Kie Tok Kauw Hwee/Khoe hwee Jawa Barat
13. Tionghoa Kie Tok Kauw Hwee/Khoe hwee Jawa Tengah
14. Tionghoa Kie Tok Kauw Hwee/Khoe hwee Jawa Timur
15. Tionghoa Kie Tok Kauw Hwee/Khoe hwee Jakarta
16. Gereja Kristen Protestan di Bali
17. Gereja Kristen Sumba
18. Gereja Masehi Injili Timur
19. Gereja Masehi Injili Sangihe & Talaud
20. Gereja Masehi Injili Minahasa
21. Gereja Masehi Injili Bolaang Mongondow
22. GKST
23. GKTR
24. GKTM
25. GKST
26. GKSS Makassar
27. GMIH
28. Gereja Protestan Maluku
29. Gereja Masehi Injili Irian
30. Gereja Protestan di Indonesia

Salah satu agenda dalam konferensi tersebut adalah pembahasan tentang Anggaran Dasar DGI. Pada tanggal 25 Mei 1950, Anggaran Dasar DGI disetujui oleh peserta konferensi dan tanggal tersebut ditetapkan sebagai tanggal berdirinya Dewan Gereja-gereja di Indonesia (DGI) dalam sebuah “Manifes Pembentoekan DGI”:

“Kami anggota-anggota Konferensi Pembentoekan Dewan Geredja-geredja di Indonesia, mengoemoemkan dengan ini, bahwa sekarang Dewan geredja-geredja di Indonesia telah diperdirikan, sebagai tempat permoesjawaratan dan oesaha bersama dari Geredja-geredja di Indonesia, seperti termaktoeb dalam Anggaran Dasar Dewan geredja-geredja di Indonesia, yang soedah ditetapkan oleh Sidang pada tanggal 25 Mei 1950. Kami pertjaja, bahwa dewan Geredja-geredja di Indonesia adalah karoenia Allah bagi kami di Indonesia sebagai soeatoe tanda keesaan Kristen jang benar menoedjoe pada pembentoekan satoe Geredja di Indonesia menoeroet amanat Jesoes Kristoes, Toehan dan Kepala Geredja, kepada oematNja, oentoek kemoeliaan nama Toehan dalam doenia ini”.

Demikianlah DGI telah menjadi wadah berhimpun Gereja-gereja di Indonesia. Anggotanya pun semakin bertambah dari waktu ke waktu. Dengan makin berkembangnya jumlah anggota, maka makin menunjukkan semangat kebersamaan untuk menyatu dalam gerakan oikoumene di Indonesia. Dalam wadah PGI, gereja-gereja di Indonesia yang memiliki keragaman latar belakang teologis, denominasi, suku, ras, tradisi budaya dan tradisi gerejawi, tidak lagi dilihat dalam kerangka perbedaan yang memisahkan, melainkan diterima sebagai harta yang berharga dalam memperkaya kehidupan gereja-gereja sebagai Tubuh Kristus. Seiring dengan perkembangan dan semangat kebersamaan itu pulalah yang turut mendasari perubahan nama “Dewan Gereja-gereja di Indonesia” menjadi “Persekutuan Gereja-gereja di Indonesia” sebagaimana diputuskan pada Sidang Raya X di Ambon tahun 1984. Perubahan nama itu terjadi atas pertimbangan: “bahwa persekutuan lebih bersifat gerejawi dibanding dengan perkataan dewan, sebab dewan lebih mengesankan kepelbagaian dalam kebersamaan antara gereja-gereja anggota, sedangkan persekutuan lebih menunjukkan keterikatan lahir-batin antara gereja-gereja dalam proses menuju keesaan”.

Dengan demikian, pergantian nama itu mengandung perubahan makna. Persekutuan merupakan istilah Alkitab yang menyentuh segi eksistensial, internal dan spiritual dari kebersamaan umat Kristiani yang satu. Sesuai dengan pengakuan PGI bahwa Yesus Kristus adalah Tuhan dan Juruselamat dunia serta Kepala Gereja, sumber Kebenaran dan Hidup, yang menghimpun dan menumbuhkan gereja sesuai dengan Firman Allah, maka sejak berdirinya PGI, gereja-gereja berkomitmen untuk menyatakan satu gereja yang esa di Indonesia. Keesaan itu ditunjukkan melalui kebersamaan dalam kesaksian dan pelayanan, persekutuan, saling menolong dan membantu. Oleh karena itu PGI tidaklah bermaksud untuk menyeragamkan gereja-gereja di Indonesia, dan PGI juga bukanlah hendak menjadi suatu super church yang mendominasi gereja-gereja anggota, melainkan keesaan yang dimaksud adalah keesaan dalam tindakan, artinya keesaan yang makin lama makin bertumbuh dan berkembang ketika melakukan kegiatan-kegiatan bersama dalam visi dan misi bersama.

Sampai pada tahun 2009, PGI telah menghimpun 88 gereja anggota dan lebih dari 15 juta anggota jemaat yang tersebar dari Merauke – Sabang dan dari Rote – Talaud. Keanggotaan PGI mewakili 80 persen umat Kristen di Indonesia. Dengan lambang “oikoumene” gereja-gereja anggota PGI optimistis berkarya dan melayani di Indonesia dan dunia. Di samping merekatkan hubungan di antara gereja-gereja anggotanya, PGI juga terpanggil untuk bekerjasama dan membangun kemitraan dengan gereja-gereja dan lembaga oikoumene lainnya, dan antaragama, baik tingkat nasional maupun internasional. Hubungan kemitraan ini dimaksudkan untuk menciptakan kerukunan umat beragama serta kesejahteraan manusia di Indonesia pada khususnya dan dunia pada umumnya.